职务侵占案属于刑事案件，和其它刑事案件立案程序是一样的。机关接受案件后，经审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，经县级以上机关负责人批准，予以立案;认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上机关负责人批准，不予立案。对有控告人的案件，决定不予立案的，机关应当制作不予立案通知书，并在三日以内送达控告人。刑法还规定，人民认为机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民提出的，人民应当要求机关说明不立案的理由。人民认为机关不立案理由不能成立的，应当通知机关立案，机关接到通知后应当立案。
《机关办理刑事案件程序规定》第一百七十五条机关接受案件后，经审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，经县级以上机关负责人批准，予以立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上机关负责人批准，不予立案。对有控告人的案件，决定不予立案的，机关应当制作不予立案通知书，并在三日以内送达控告人。